시험소개

프로테오믹스 연구에서 가장 널리 사용되는 분석 법으로, SDS-PAGE를 통해 분리된 단백질 band 혹은 Spot 샘플의 동정 (Identification)을 목적으로 하는 시험 항목이다. 분석방법은 In-gel digestion (SDS-PAGE 경우)을 통한 단백질 유래 peptide를 LC-MS/MS 질량분석기로 NCBI, Swiss-Prot Database를 이용해 단백질을 동정한다. Protein identification 경우, 단백질 Source (Taxonomy)에 따라 동정 성공율이 달라진다. Human, Mouse, E-coli등은 Protein Database가 완벽해서 단백질의 동정(Protein identification) 성공율이 높지만, Protein Database가 없거나, 희박한 경우는 단백질 동정 성공율이 매우 낮아 진다. 이런 경우는 Homology search를 통해 동정 가능하지만, 동정 성공율은 낮은 편에 속한다.

시험 대상

• Proteomics sample (SDS-PAGE, Protein solution)

시험 방법

시험결과

ESI –MS spectrum

MS/MS fragmentation and sequencing

MASCOT search result (Protein identification result)